Cerkev sv. Helene na Pertoči se v zgodovinskih virih prvič omenja že leta 1425. Zapis, ki govori o majhni podružnični cerkvi, je odkril dekan na Tišini. V njem je zapisano, da so v naselju v času vladavine Ladislava V. postavili cerkev sv. Jelene.
Med letoma 1963 in 1970 so na temeljih stare gotske cerkve, po načrtih arhitekta Jožeta Požauka, zgradili novo cerkev v slogu stanovanjske arhitekture. Od stare stavbe sta se ohranila le prezbiterij in zvonik. Zlasti kratek prezbiterij še danes priča o gotski stavbni fazi, medtem ko je notranja oprema cerkve psevdogotska. Zunanjost krasi veličasten obokan vhod, ki obiskovalca vabi v notranjost.
Notranjost cerkve je svojo končno podobo dobila leta 2009, ko je bil po zamisli patra Marka Ivana Rupnika celoten prezbiterij prenovljen. Nastali so novi oltar, ambon, krstilnik, tabernakelj in stopnišče, ki skupaj z izjemnim mozaikom tvorijo celoto z globokim verskim in simbolnim sporočilom.
Farni župnik g. Jože Vinkovič je v povzetku o pertoškem mozaiku zapisal:
"Cerkve so od nekdaj bile prostori, kjer si lahko začutil nekaj nebeškega – in zato te cerkev ne sme pustiti hladnega. Z mislijo na to smo se leta 2003 obrnili na patra Marka Rupnika, ki je ob našem povabilu najprej vprašal: »Kje pa sploh je ta Pertoča?« – in dodal, da o kraju nima pojma. Na binkošti leta 2004 je prvič obiskal našo cerkev in po ogledu dejal: »Tukajšnji verniki si zaslužijo lepšo cerkev kot je ta dvorana. Potrudili se bomo in jo spremenili v cerkev.«"
Dela so bila pripravljena do 25. novembra 2009, ko je v Pertočo prišla skupina štirinajstih mozaičarjev – 4 Slovenci, 4 Italijani, Srbkinja, Črnogorec, 2 Romuna in 2 Ukrajinca. V samo štirih dneh je iz drobnih kamenčkov nastala veličastna mojstrovina, ki je pritegnila številne obiskovalce in radovedneže od blizu in daleč. Pozorno oko in odprto srce vsakogar, ki vstopi v to svetišče, bosta v Rupnikovi umetnini in prostoru cerkve našla duhovno globino in notranje zadovoljstvo.
Cerkev sv. Helene stoji na razgledni legi na vrhu griča nad vasjo in spremlja popotnika skozi dobršen del njegove poti po naši občini. Je duhovna, umetniška in zgodovinska dragocenost, ki si zasluži vaš obisk.
