Župnija združuje pet vasi. Cerkev stoji na temeljih okoli 400 let stare majhne cerkvice. Posebnost cerkve iz leta 1963 je unikatni (žgana glina) križev pot avstrijskega mojstra p. Wolfganga Koglerja, zdaj že pokojnega kartuzijana iz samostana Pleterje. Od leta 2009 se cerkev ponaša z drugim največjim mozaikom (92 m2) v Sloveniji, ki ga je izdelal pater Marko Rupnik, znani umetnik številnih mozaikov z bibličnimi prizori in Prešernov nagrajenec za mozaično poslikavo zasebne kapele papeža Janeza Pavla II. v Vatikanu. Njegova dela krasijo cerkve: Fatima na Portugalskem, Lurd v Franciji, Rim in seveda doma: Koper, Pertoča …
Del povzetka farnega župnika g. Jožeta Vinkoviča o pertoškem mozaiku: Cerkve so že od nekdaj bile zgradbe, kjer si začutil nekaj nebeškega in zato te cerkev ne sme pustiti hladnega. S to in še veliko drugimi mislimi smo se leta 2003 obrnili na patra Marka Rupnika, ki je najprej vprašal: »Kje pa sploh je ta Pertoča, češ, da nima pojma, kje leži ta kraj?« Sam je obiskal Pertočo na binkošti leta 2004 in po ogledu cerkve dejal: »Tukajšnji verniki si zaslužijo lepšo cerkev, kot je ta dvorana! Potrudili se bomo in jo spremenili v cerkev!« Vsa naročena dela so opravili do prihoda mozaičarjev 25. 11. 2009. Bilo jih je štirinajst: 4 Slovenci, 4 Italijani, Srbkinja, Črnogorec, 2 Romuna in 2 Ukrajinca. Mozaik je bil končan v štirih dneh. Veliko je bilo radovednežev od blizu in daleč, ki so opazovali, kako nastaja iz malih kamenčkov veličastna mojstrovina. To je doslej edina cerkev v Sloveniji, kjer je po Rupnikovi zamisli tudi preurejen celoten prezbiterij: oltar, ambon, krstilnik, tabernakelj in stopnišče, ki skupaj z mozaikom tvorijo celoto z globokim verskim sporočilom. Pozorno oko in razmišljajoče srce obiskovalca Rupnikove umetnine in naše cerkve bo našlo duhovno in versko zadovoljstvo.
